Dans les années 1500, on trouve trace de l’existence de foires et de marchés au Pellerin.
Le commerce était intense. Diverses denrées, comme le foin, le vin, le blé, le bois et les bestiaux, étaient expédiées vers les colonies. Louis XIV accorda au Pellerin l’autorisation de 2 foires annuelles.
La première foire aux bestiaux du Comice agricole eut lieu sur les quais du Pellerin le 15 août 1904.
En 1723, un employé du port enregistrait sur deux registres les arrivées et les départs des bateaux et percevait les taxes sur le commerce pour le compte du roi Louis XV.
Chaque bateau devait se faire enregistrer au bureau du port.
De 1669 à 1740, 32 capitaines étaient comptés au Pellerin et 16 capitaines de 1788 à 1790.
Le Pellerin, bénéficiant d’une rade parfaitement abritée, sera durant le 17ème et le début du 18ème siècle, le 1er port avant celui de Nantes. Le Pellerin compte alors, le long du fleuve, 7 chantiers de radoub des navires du commerce triangulaire et de réparation de bateaux à fond plat.
En 1765, on relevait 20 bargers (profession) qui chargeaient ou déchargeaient les cargaisons de bateaux et de vaisseaux à moyen et fort tonnage (250 tonneaux). En effet, ces derniers ne pouvaient aller plus loin dans l’Estuaire, et donc atteindre Nantes, en raison de la faible profondeur du fleuve et des bancs de sable qui se déplaçaient à chaque marée. Ce délestage se réalisait sur des barges (bateaux à fond plat).
À partir du 19ème siècle, des entrepôts et des maisons de maîtres furent construits devant la Loire. Au milieu du 19ème siècle, le port du Pellerin connut une activité intense. De gros efforts d’aménagement des quais du port furent alors consentis.
Pendant la révolution, Le Pellerin s’est appelé Port-Brutus.
En 1838, le môle fut construit, puis en 1841, les quais furent élargis de 12 mètres.
En 1857, le Conseil municipal du Pellerin prit la décision d’importants travaux en stabilisant les quais sur une longueur de 650 mètres.
À partir de 1870, l’activité du port ralentit un peu et les quais ne furent utilisés que pour le stockage des roseaux et des foins.
Aux 19ème et 20ème siècles, Le Pellerin exportait du vin, du vinaigre, du blé et du foin vers les colonies. Les quais furent alors prolongés vers l’aval, de 1882 à 1889, pour désengager l’espace prévu pour le stockage des marchandises et permettre aux bateaux d’accoster.
Le Pellerin était aussi un important port de pêche (civelles, anguilles, lamproies, aloses, etc.) et de transit de produits locaux (bétail, vin du pays de Retz, foin) en direction des îles : Belle-Ile, Ile d’Yeu, Ile de Noirmoutier.
Au début du 20ème siècle, on construisit des cales pour permettre aux bateaux à vapeur qui remorquaient les charrières, puis au bac Saint Julien, d’assurer les traversées de la Loire. Des pontons furent aussi installés pour permettre aux bateaux à vapeur (Abeilles) de relier Nantes et Saint-Nazaire au Pellerin.
Sur le port furent installés un poste de douane et un marégraphe.
Après la guerre 1939-1945, on trouvait 34 pêcheurs professionnels, ainsi que 9 cultivateurs qui pratiquaient la pêche.
En 1955, c’est l’arrivée des bacs amphidromes (ayant la particularité de pouvoir se déplacer indifféremment en avant et en arrière de la même manière) qui nécessita la construction le long du quai, de double cales spécifiques.